A Főiskola irányítása személyi és testületi vezetéssel történik. A személyi vezetést a rektor, a testületi vezetést a Szenátus gyakorolja.
A Főiskola vezetői
- Dr. Rátkai Gergő Péter (Gauraszundara Kripamója Dásza) – megbízott rektor, főiskolai adjunktus
- Dr. Halmai Zsuzsa (Szávitrí Déví Dászí) – rektorhelyettes, főiskolai docens
A Szenátus tagjai
- Dr. Banyár Magdolna (Mahárání Déví Dászí)
- Fenes Krisztina
- Dr. Halmai Zsuzsa (Szávitrí Déví Dászí)
- Dr. Jeney Rita (Amritánanda Déví Dászí)
- Nagy Orsolya
- Németh Ádám (Akhilásraja Dásza)
- Dr. Rátkai Gergő Péter (Gauraszundara Kripamója Dásza)
- Dr. Tóth-Soma László (Gaura Krisna Dásza)
Tanácskozási joggal:
- Dr. Sonkoly Gábor (Rádhánátha Dásza)
A Főiskolán két tanszék működik
- Vaisnava Teológia Tanszék – vezetője: Dr. Jeney Rita (Amritánanda Déví Dászí).
Tanszékvezető-helyettes: Markwarthné Lengyel Piroska (Puskariní Déví Dászí) - Elméleti és Alkalmazott Jógatudomány Tanszék – vezetője: Dr. Tóth-Soma László (Gaura Krisna Dásza)
Tanszékvezető-helyettes: Képes Andrea (Ranginí Déví Dászí)
A Főiskola szolgáltató szervezeti egysége a Bhaktivedanta Könyvtár.
Vezetője: Dr. Rátkai Gergő Péter (Gauraszundara Kripamója Dásza)
A Főiskola funkcionális szervezeti egységei
- Gazdasági Osztály – vezetője: Németh Ádám (Akhilásraja Dásza)
- Tanulmányi Osztály – vezetője: Fenes Krisztina
- Tanfolyami Osztály – vezetője: Németh Ádám (Akhilásraja Dásza)
- Kommunikációs Osztály – vezetője: Nagy Orsolya
A Főiskolán az alábbi testületek működnek
- Tanári Tudományos Tanács
- Minőségbiztosítási Bizottság
- Tanulmányi Bizottság
- Állandó Bizottság
- Felvételi Bizottság
- Fegyelmi Bizottság
- Jogorvoslati Bizottság
- Kreditátviteli Bizottság
- Záróvizsga bizottságok